En diciembre de 1983 se promulga la ley Universitaria 23733, que modifica nuevamente la estructura Académica y Administrativa de las Universidades. En 1984 se elabora el Estatuto de la UNSAAC y se crean las actuales Facultades y entre ellas la Facultad de Ciencias Químicas, Físicas y Matemáticas con sus Carreras Profesionales de Físico-Matemáticas y Química.

El 16 de Setiembre de 1994, mediante Resolución NRO. AU-007-94-UNSAAC, Secretaría General de la Universidad Nacional de San Antonio Abad del Cusco, se aprueba la separación de la Carrera Profesional de Físico Matemáticas en las Carreras Profesionales de Matemáticas, mención Matemática y Estadística. Física considerando como base el Proyecto Curricular de ambas Carreras, documentos sustentatorios puestos a consideración de la Asamblea Universitaria.

En el marco de la ley universitaria N° 30220, y promulgado el estatuto de la Universidad Nacional San Antonio Abad del Cusco, respecto a la conformación de las facultades se precisa que, la Facultad de Ciencias está conformada por las Escuelas Profesionales de Química, Física, Matemáticas y Biología.